DETECCIÓN RÁPIDA DE MUTACIONES ASOCIADAS A VARIANTES DE SARS-COV-2 POR RT-QPCR CON ANÁLISIS DE CURVAS DE FUSIÓN DE ALTA RESOLUCIÓN (HRM) Y CEBADORES ALELO ESPECÍFICO (ASO).

GUILLERMO GIAJ MERLERA; PABLO S. VÉLEZ; FÉLIX CONDAT; AYLEN MAKHOUL; JESICA GALLARDO; CAMILA CINALLI; LORENZO ROSALES CAVAGLIERI; JUAN C. RONDAN DUEÑAS; ANDREA BELAUS

Modalidad virtual

Congreso; XIII Congreso Argentino de Virología 2021; 2021

Sociedad Argentina de Virología

La aparición de variantes del coronavirus tipo 2 causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) más virulentas y/o de mayor transmisibilidad ha desencadenado una vigilancia genó-mica costosa y difícil de sostener en el tiempo. En este trabajo se describe el desarrollo de dos sistemas simples y de bajo costo por RT-qPCR para la detección de mutaciones asociadas a dosvariantes de preocupación (VOC) y una variante de interés (VOI).Se diseñaron cebadores para detectar mutaciones asociadas a las variante P.1 (S_L18F-T20N-P26S) y C.37 (S_G75V-T76I) por RT-qPCR y HRM y para la mutación N_D377Y asociada a variantes B.1.617.1 y B.1.617.2 por RT-qPCR alelo específica (ASO). Se utilizaron muestras secuenciadas (Proyecto PAIS) para la determinación de las temperaturas de fusión (Tm). Se observó una Tm(°C) de 77.13±0.12 (variante P.1) y de 76.45±0.1 (variante C.37).Se seleccionaron 24 muestras SARS-CoV-2 positivas y mediante la secuenciación parcial del gen S (21421-21916) se asociaron a variantes P.1, C.37 y B.1.1.7. Posteriormente se evaluaron por RT-qPCR y HRM para las regiones S_L18F-T20N-P26S y S_G75V-T76I. Se utilizaron controles positivos, controles negativos y muestras SARS-CoV-2 negativas.En la evaluación para la región S_L18F-T20N-P26S las muestras asociadas a P.1 mostraron una Tm (°C) 77.53±0.1 y las muestras restantes una Tm (°C) 78.37±0.11. Para la región S_G75V-T76I lasmuestras con genotipo asociado a variante C.37 mostraron una Tm (°C) de 76.56±0.09 y las restantes una Tm (°C) de 77.29±0.13.La aplicación de los sistemas de RT-qPCR/HRM de las regiones S_L18F-T20N-P26S y S_G75V-T76I permite discriminar las mutaciones asociadas a variantes P.1 y C.37 respectivamente. La detección de la mutación mediante RT-qPCR/ASO permite asociar a variantes B.1.617.1 y B.1.617.2. Este trabajo es un aporte a la optimización de tiempo y recursos en la vigilancia activa de variantes.